Joensuun Cityseurakunta perustettiin seurauksena ympäri maailmaa vaikuttaneesta vahvasta Pyhän Hengen liikehdinnästä.

Seurakunnan muut hengelliset juuret tulevat Joensuun Vapaaseurakunnasta, jonka keskellä koettiin voimakasta Pyhän Hengen vuodatusta v. 1994–1995. Alun perin tarkoituksena oli uuden tytärseurakunnan perustaminen jatkona Vapaakirkon kesäjuhlille Joensuussa kesällä 1995.

Vaikka vapaaseurakunta lopulta luopuikin tästä suunnitelmastaan, niin kuitenkin pieni joukko seurakuntalaisia johtavan pastorin kanssa koki saaneensa Jumalalta tehtäväksi uuden seurakunnan perustamisen.

Viiden hengen ryhmä kokoontui loppuvuoden ajan rukoilemaan, keskustelemaan ja suunnittelemaan seurakunnan perustamiseen liittyviä monia asioita. Suunnitelmat etenivät nopeasti, ja johtivat Joensuun Cityseurakunta -yhdistys ry:n perustamiseen ja toiminnan aloittamiseen 2.1.1996.



Seurakunnan ja yhdistyksen perustajajäsenet: Jukka Tuunanen, Tuomo Romppanen, Leena Matilainen, Jukka Laamanen, ja Pasi Siistonen.

Ensimmäiset tilaisuudet pidettiin Joensuun kaupunginkirjaston Muikku-salissa, josta siirryttiin jo kuukauden jälkeen Karjalantalolle. Maaliskuussa 1996 seurakunta vuokrasi itselleen toimitilaksi sanomalehti Karjalaisen entisen painohallin aivan kaupungin keskeltä Torikatu 33:sta. Cityseurakunta toimi tällä paikalla yli yhdeksän vuoden ajan, kunnes se joutui muuttamaan pois uuden vuokralaisen tieltä elokuussa 2005.

Uudet tilat löytyivät vieläkin lähempää kaupungin toria ja ydinkeskustaa, osoitteesta Koskikatu 9. Mittavan remontin jälkeen kellarikerroksessa olevat viihtyisä kirkkosali ja oheistilat otettiin käyttöön seurakunnan 10-vuotisjuhlien yhteydessä 9-10.1. 2006. Samoissa tiloissa toimi myöskin Cityseurakunnan perustama kristillinen kirjakauppa Joelin Kirja ja Taide Ky.
Keväällä 2011 ilmenneiden sisäilmaongelmien sekä vuokranantajan omien kiinteistösuunnitelmien takia seurakunta joutui muuttamaan pois syyskuussa 2011.

Uudet, väliaikaiset toimisto- ja kokoustilat sekä myymälä kristilliselle kirjakaupalle löydettiin PT-talosta, Kirkkokatu 27. Ensimmäinen celebration –jumalanpalvelus pidettiin PT-talon keskusaulassa 2.10.2011.